Prekomeran rast algi je nešto sa svime svaki vlasnik akvarijuma pre ili kasnije mora da se suoči. To nije samo ružan detalj u akvarijumu, već može biti i vrlo opasan po zdravlje riba i bilja u akvarijumu. Najopasnija vrsta algi su takozvane modro-zelene. tj sluzave alge. Najlakše ih je prepoznati ukoliko se u akvarijumu pojavi zamućena i sluzava masa. Ovde zapravo nisu ni u pitanju prave alge, već cianobakterije. Ove bakterije proizvode velike količine toksina koje kod riba mogu dovesti do steriliteta, smanjenja imuniteta, oštećenja unutrašnjih organa pa čak i uginuća. Kod ljudi, cianobakterije mogu izazvati alergije, dermatitise, proliv i grčenje mišića.
Postoje tri glavna uzroka koja utiču na nekontrolisano bujanje algi.To su: svetlost, voda i hranljive materije. Ukoliko su svetla u akvarijumu predugo uključena ili je akvarijum direktno izložen sunčevoj svetlosti, to će pogodovati rastu algi. Veštačko osvetljenje u akvarijumu treba da radi osam sati dnevno. Može se koristiti i tajmer za uključivanje i isključivanje svetla radi veće sigurnosti. Važan je i način na koji se hrane ribe. Ukoliko im se daje previše hrane, ostaci nepojedene hrane su idealna podloga za nastanak algi. Ostatke hrane svakodnevno treba uklanjati iz akvarijuma. Takođe, treba redovno održavati filtere i menjati vodu u akvarijumu. Preporučuje se da se jednom nedeljno zameni jedna trećina vode.
Ukoliko su se alge već pojavile, postoje tri osnovna načina kako se mogu ukloniti. To su mehanički, hemijski i biološki način. Mehaničko čišćenje pre svega podrazumeva ručno pranje stakala s obzirom na to da se tu alge najčešće nakupljaju. Stakla se mogu oprati grubljom stranom običnog kuhinjskog sunđera ili specijalnim akvarijumskim magnetima za staklo. Takođe je potrebno oprati i ukrasne predmete iz akvarijuma. Prilikom svakog menjanja vode treba posebnim crevima očistiti i pesak.Za hemijsko čišćenje se koriste posebna sredstva koja se dodaju u vodu. Mogu se nabaviti u dobro snabdevenim prodavnicama opreme za kućne ljubimce. Biološko čišćenje se sastoju u ubacivanju živih biljaka i riba čistača u akvarijum. Žive biljke će koristiti mnoge hranljive sastojke koje su potrebne algama za rast. Na taj način se smanjuju izvori hranljivih sastojaka za alge i samim tim se smanjuje mogućnost njihovog prekomernog rasta. Ribe čistači čiste akvarijumsko dno i stakla od ostataka hrane i od algi. Čistači se vole zavlačiti i skrivati, pa im treba obezbediti nešto od “rekvizita” za skrivanje kao što su razne biljke i dekoracije.