Paraziti koji se mogu naći kod kunića se svrstavaju u dve grupe: spoljašnje i unutrašnje. U spoljašnje parazite spadaju grinje, šugarci, vaši i buve. Osim navedenog, kod kunića se sreće i mijaza. Mijaza je parazitarna infekcija kože. Nastaje usled polaganja jajašaca muve na ranama na koži i na analnom području kunića.
Grinje su paraziti mikroskopske veličine. Najčešće napadaju područje potiljka i vrata. Simptomi su svrab, perutanje kože i pojava ekcema. Dijagnoza se postavlja na osnovu brisa kože.
Šugarci se kod kunića pojavljuju na ušima. Mikroskopske su veličine i ne mogu se primetiti golim okom. Bolest se lako prenosi i veoma brzo širi u velikim grupama kunića. Promene se prvo javljaju u spoljašnjem ušnom kanalu. Ukoliko se kunić ne leči na vreme, promene se šire na srednje i unutrašnje uho i oštećuju ih. Često se javljaju i dodatne komplikacije u vidu infekcija bakterijama i gljivicama. Simptomi su jak svrab, gnoj i iscedak iz uha, trešenje glavom i češanje ušiju.
Dijagnoza se postavlja na osnovu mikroskopskog pregleda brisa i pregleda uha otoskopom. Za lečenje se koriste posebni antiparazitski lekovi. Vaši se hrane kožnim produktima i krvlju kunića. Nevidljive su golim okom. Simptomi su crvenilo i zadebljanje kože. Buve spadaju u bezkrilne insekte sa dobro razvijenim zadnjim parom nogu koji im služi za skakanje. Neki od simptoma da su kunića napale buve su iritacije i alergije kože. Takođe, kunići mogu pokazivati znake uznemirenosti i malaksalosti.
Buve su naročito opasne jer su prenosnici teškog virusnog oboljenja pod nazivom miksomatoza. Na farmama, obavezna je vakcinacija kunića protiv ove bolesti. Za lečenje samih buva, koriste se posebni ektoparazitici za kuniće.
Preventivne mere protiv svih navedenih spoljašnjih parazita su iste. Obuhvataju redovno čišćenje i dezinfekciju prostora u kojima borave kunići.
Od unutrašnjih parazita, na prvom mestu treba spomenuti crevne parazite. Do infekcije dolazi direktno iz spoljašnje sredine, putem zagađene hrane i vode. Mogu izazvati oštećenja zidova creva. Glavni simptom je dijareja. Dijagnoza se postavlja na osnovu laboratorijskog pregleda izmeta. Unutrašnji paraziti se mogu naći i u želudcu kunića. Ova vrsta parazita izaziva hronični gastritis. Prema podacima iz literature, ovi paraziti ne mogu parazitirati u digestivnom traktu čoveka.
Za prevenciju bolesti probavnog trakta kunića, najbitnija je ishrana. Seno je obavezan sastojak u ishrani zeca jer obezbeđuje dobro varenje i dobar rad creva. Takođe, adekvatni uslovi držanja i redovne kontrole zdravstvenog stanja sprečavaju pojavu mnogih bolesti. Važan faktor je i izbegavanje stresa, jer je poznato da su kunići plašljive životinje.